O filme acompanha a jornada de Newt Scamander (Eddie Redmayne), um Magizoologista - ou seja, estudante de Trato das Criaturas Mágicas, autor do livro fictício que dá título ao filme, e que é utilizado no material didático de Hogwarts. Procurando criaturas mágicas para catalogar, ele vai encontrar o amor nos braços de Tina (Katherine Waterston). O longa se passa 70 anos antes dos eventos que iniciam a saga Harry Potter, e é ambientado em Nova York.