Ao saber que Voldemort havia escolhido Harry como o garoto da profecia, Snape implorou a Voldemort que protegesse Lílian, não se importando com os assassinatos do marido e do filho dela. Quando Voldemort matou Lílian, pelo fato de a amar e se sentir culpado por sua morte, Severo Snape se arrependeu e jurou proteger Harry.

Depois que o Lorde das Trevas desapareceu, Snape continuou em Hogwarts como professor de Poções. Uma figura nebulosa, que se viu em situação complicada após a volta de Voldemort, no episódio do Torneio Tribruxo, não se unindo a Voldemort imediatamente, mas indo ao seu encontro duas horas depois, a mando de Dumbledore.

Antes do início do sexto ano de Harry em Hogwarts, Snape explicou sua posição a Belatriz Lestrange, alegando lealdade a Voldemort.

Na mesma ocasião, num episódio polêmico, Snape sela um Voto Perpétuo com Narcisa Malfoy para proteger seu filho Draco Malfoy na missão confiada a ele pelo Lorde das Trevas em pessoa, de matar Dumbledore, e terminar essa missão caso o rapaz não conseguisse.

Ao mesmo tempo, Dumbledore afirma que Snape realmente mudou de lado e agora é espião da Ordem da Fênix.

Snape usou sua capacidade em Oclumência e Legilimência para espionar Voldemort e esconder dele suas verdadeiras intenções durante os três anos de sua volta.

No sexto ano de Harry em Hogwarts, Snape conseguiu a tão sonhada posição de professor de Defesa Contra as Artes das Trevas. Enquanto isso, Harry estudava poções com Horácio Slughorn usando o livro do Príncipe Mestiço (o próprio Snape).

Snape parecia querer ajudar Draco na sua missão conforme o combinado com Narcisa e com Dumbledore, mas o garoto não queria saber de ajuda.